银行存款支付工程款的会计分录做法根据工程性质不同有所区别。对于非不动产建造工程，取得对应发票时，借方记“在建工程”和“应交税费——应交增值税（进项税额）”，贷方记“银行存款”；对于不动产建造工程，取得对应发票时，借方记“在建工程”，贷方记“银行存款”。在建工程指企业尚未完工的工程支出。
银行存款支付工程款的会计分录操作如下：
1. 当发生非不动产建造工程并获取相应发票时：
借：在建工程
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
此操作表示，企业为在建工程支付款项，并记录了相应的增值税进项税额。
2. 当发生不动产建造工程并获取相应发票时：
借：在建工程（表示不动产建设工程的支出）
贷：银行存款（表示企业使用银行存款支付工程款）
在建工程涵盖企业资产的新建、改建、扩建，或技术改造、设备更新和大修理工程等尚未完工的工程支出。当企业为这些工程支付款项时，需通过“在建工程”科目进行核算。
对于上述操作，企业必须确保准确记录每一笔交易，以保证财务数据的真实性和完整性。同时，企业还需遵循相关税法规定，确保税务处理的准确性。
