深加工农产品进项税抵扣方式取决于购买对象和用途。从一般纳税人处购进农产品用于生产或委托加工13%税率货物，按10%计算抵扣进项税额；从小规模纳税人处购进用于初加工的农产品，按9%的扣除率计算进项税额。若农产品既用于生产销售或委托加工13%税率货物又用于其他货物服务，需分别核算，未分别核算则以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
深加工农产品进项税抵扣详解
一、从一般纳税人处购进农产品并取得增值税专用发票的处理
当从一般纳税人处购进农产品，并在购入当期取得增值税专用发票时，应遵循农产品抵扣的一般规定。按照9%的税率计算抵扣进项税额。若这些农产品用于生产或者委托加工13%税率的货物，则按照10%的扣除率计算进项税额。
二、从小规模纳税人处购进农产品的处理
若从小规模纳税人处购进农产品用于初加工，则以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。同样，若这些农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，也将按照10%的扣除率计算进项税额。
三、对购进农产品用途的核算要求
纳税人购进的农产品，若既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物，又用于生产销售其他货物服务，必须分别核算。这样才能按照不同的用途计算相应的进项税额。若未分别核算，则统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
在进行会计处理时，应严格按照相关税法规定，确保进项税额的计算准确无误，并合理进行账务处理。
