根据原文，公务用车制度改革后取得的公务交通补贴收入，在扣除一定标准的公务费用后，按照工资、薪金所得项目计算并缴纳个人所得税。不同级别的人员扣除标准不同，具体参照山西省公务用车制度改革总体方案。其他事业单位和企业可参照相关标准执行。参考文件包括国家税务总局和山西省的相关通知和方案。
关于交通费与个人所得税收的相关规定
公务用车制度改革后，个人因公务获得的交通补贴收入，在扣除一定标准的公务费用后，应纳入“工资、薪金”项目，并依法缴纳个人所得税。这一规定适用于各级党政机关及相关人员。具体的公务费用扣除标准，依据《山西省公务用车制度改革总体方案》中的相关规定执行。
一、公务用车制度改革与个人所得税
对于已经实施公务用车制度改革的党政机关，如党委、人大、政府、政协等，其人员因公务获得的交通补贴，在征收个人所得税时，可依据规定的标准扣除实际发放的公务交通补贴。例如，厅局级人员每月可扣除1625元，处级人员每月可扣除1000元，科级及以下人员每月可扣除625元。
二、其他事业单位与企业的规定
其他开展公务用车制度改革的事业单位和企业，对其高层、中层及其他管理人员因公务获得的交通补贴征收个人所得税时，也可参照上述标准执行。
相关文件参考
《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）
《山西省公务用车制度改革总体方案》（晋办发[2015]45号）
《山西省人民政府办公厅关于个人因公务用车制度改革取得公务交通补贴征收个人所得税有关问题的通知》（晋政办发[2015]121号）
以上内容，旨在明确公务用车制度改革后，相关人员在获得公务交通补贴时，应如何缴纳个人所得税。确保政策执行公正，个人纳税明确。
