根据最新公告，企业应妥善保管研发费用加计扣除备查资料，包括研究开发项目计划书、决议文件、专门机构或项目组的编制情况、研发人员名单、合同、费用分配说明、集中研发项目的决算表、分摊明细和收益比例等资料，还包括研发支出的辅助账和其他相关资料。企业应特别重视科技行政主管部门的鉴定意见和省税务机关规定的其他资料，以备查证。
研发费用加计扣除备查资料处理指南
根据相关公告，企业在进行研发费用加计扣除时，需妥善保管以下留存备查资料：
一、研发项目相关文件
1. 自主、委托或合作研究开发项目的计划书，以及企业有权部门关于这些项目的立项决议文件。
2. 关于自主、委托或合作研究开发专门机构或项目组的编制情况，包括研发人员名单。
二、合同与登记信息
3. 经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同。
4. 从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明，包括工作使用情况的详细记录。
三、研发费用决算与分配
5. 集中研发项目的研发费用决算表，以及费用分摊的明细情况表，包括实际分享收益比例等资料。同时，“研发支出”辅助账也是重要资料之一。
四、鉴定意见与其他资料
6. 如果企业已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应留存备查。省税务机关规定的其他资料也需妥善保管。
企业在处理这些备查资料时，应按照相关规定进行整理和归档，确保资料的完整性和安全性。这些资料是证明企业研发费用加计扣除的重要依据，务必妥善保管。
