纳税人如有在两个地方发工资的情况，对于同一个专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择其中一个单位办理扣除。这根据国家税务总局的规定，确保税收公平和合理。因此，纳税人需根据自身情况选择合适的单位进行专项附加扣除申报。
纳税人若存在两个或以上发放工资的单位，关于专项附加扣除的填写规定如下：
根据《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）第四条规定，对于纳税人而言，若其工资由两个或更多的单位发放，针对同一个专项附加扣除项目，纳税人在一个纳税年度内仅可选择其中一个单位进行扣除办理。
具体操作要求如下：
1. 纳税人应明确选择哪个单位进行专项附加扣除的申报。
2. 在选择单位时，纳税人应充分了解并遵守相关税务规定，确保申报的准确性和合法性。
3. 选择的单位将负责处理纳税人的专项附加扣除申请，并据此进行个人所得税的计算。
4. 纳税人应妥善保管与工资及专项附加扣除相关的所有文件和凭证，以备税务部门核查。
请注意，此规定旨在规范个人所得税专项附加扣除的操作流程，确保税收公平和透明。纳税人需严格遵守，以免产生不必要的税务纠纷。特别是在涉及多个工资发放单位时，务必明确选择正确的申报单位，以确保个人税务处理的准确性。
