事业单位应设置“事业基金”科目，用于核算事业基金的各项来源、运用和结存。该科目包括“一般基金”和“投资基金”两个明细科目。事业基金的账务处理包括将非财政补助结余分配和专项剩余资金转入事业基金，以及进行长期股权投资和债券投资的处理。对外转让或到期收回长期债券投资本息的账务处理也包括在内。
事业单位在会计上应设置“事业基金”科目，用以精确核算事业基金的各项来源、使用及结余情况。此科目下进一步细分“一般基金”与“投资基金”两个明细科目。关于事业基金的主要账务处理，具体分录如下：
一、事业基金来源与运用
1. 年末，将“非财政补助结余分配”科目的余额转入事业基金。根据余额情况，借记或贷记“非财政补助结余分配”科目，相应贷记或借记“事业基金”科目。
二、专项资金的转入处理
年末，针对留归本单位的非财政补助专项（针对已完成的项目），将剩余资金转入事业基金。具体操作是，借记“非财政补助结转—××项目”科目，贷记“事业基金”科目。
三、长期投资的处理
以货币资金取得长期股权投资或长期债券投资时，投资成本包括购买价款、税金、手续费等相关税费。会计分录为：借记“长期投资”科目，贷记“银行存款”等科目；同时，按照投资成本金额，借记“事业基金”科目，贷记“非流动资产基金—长期投资”科目。
四、长期债券投资的转让与收回
对外转让或到期收回长期债券投资本息时，根据实际收到的金额，借记“银行存款”科目，按照收回的长期投资成本，贷记“长期投资”科目。根据差额，贷记或借记“其他收入—投资收益”科目。同时，对应地调整非流动资产基金和事业基金，具体为借记“非流动资产基金—长期投资”科目，贷记“事业基金”科目。
以上会计分录的处理，确保了事业单位在运用事业基金时的账务清晰，为单位的财务管理提供了准确的依据。
