根据财税〔2008〕81号通知，专业合作社的发票在满足一定条件下可以抵扣进项税。具体条件包括：销售本社成员生产的农业产品视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品可以按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。因此，符合通知中所说条件的专业合作社的发票是可以抵扣进项税的。
专业合作社发票抵扣进项税的相关政策
经财政部国家税务总局批准，关于农民专业合作社的税收政策已经明确。针对该社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，享受免征增值税的优惠。当增值税一般纳税人从农民专业合作社购买免税的农业产品时，可以按照13%的扣除率计算，抵扣增值税进项税额。
为了更好地支持农民专业合作社的发展，针对其销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机等，也免征增值税。对于该社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，同样享受免征印花税的优惠。
一、农民专业合作社销售自产农业产品免征增值税
二、从农民专业合作社购进的免税农业产品可抵扣增值税进项税额(按13%的扣除率计算)
三、农民专业合作社销售农膜、种子等农资产品免征增值税
四、农民专业合作社购销合同免征印花税
基于以上政策规定，若条件符合，专业合作社的发票是可以抵扣进项税的。
