国家税务总局规定，公司为其雇员承担个税的税额计算需区分不同情况处理。全额负担税款的，按特定公式将不含税收入换算为应纳税所得额后计算税额；定额负担税款的，需将工资薪金所得换算为应纳税所得额后再计算；雇主负担一定比例的税款，也需按照相应公式计算。公司需进行相应账务处理，包括借管理费用、营业外支出、应付工资薪酬和应交税费等科目的操作。
公司承担个税的税额计算及账务处理
根据《国家税务总局关于雇主为其雇员负担个人所得税税款计征问题的通知》（国税发（1996）199号），对于公司为其雇员负担个人所得税的情形，税款的计算及账务处理需按以下规定操作。
一、雇主全额负担税款的处理
对于公司全额为其雇员负担税款的，税款的计算需按照特定公式进行。首先，将雇员取得的不含税收入换算成应纳税所得额。换算公式为：应纳税所得额＝（不含税收入额－费用扣除标准－速算扣除数）÷（1－税率）。接着，根据应纳税所得额计算企业代为缴纳的个人所得税税额，公式为：应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数。其中，税率是指不含税所得按不含税级距对应的税率。
二、雇主定额或按一定比例负担税款的处理
1. 雇主为其雇员定额负担税款时，需要将雇员取得的工资薪金所得换算成应纳税所得额，计算公式为：应纳税所得额＝雇员取得的工资薪金收入＋雇主代雇员负担的税款－费用扣除标准。随后，根据应纳税所得额计算征收个人所得税。
2. 雇主为其雇员负担一定比例的税款时，计算公式为：应纳税所得额＝（未含雇主负担的税款的工薪收入额－费用扣除标准－速算扣除数×负担比例）÷（1-税率×负担比例）。然后，根据应纳税所得额计算个人所得税，公式为：应纳税款＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数。
账务处理上，公司需进行如下操作：
1. 借：管理费用－工资；借：营业外支出；贷：应付工资薪酬；贷：应交税费－个人所得税。
2. 发放工资和代缴个税时，借：应付职工薪酬；贷：应交税费－个人所得税；贷：银行存款。
