根据国家税务总局的规定，出口企业如不慎丢失出口备案单证，可能面临主管税务机关的处罚。对于这种情况，出口企业应该立即采取补救措施，如重新整理、补充相关单证，并向主管税务机关报告。同时，企业应加强内部管理和档案保管，确保出口货物的退免税账簿、凭证、资料等按规定设置、使用和保管，避免类似问题再次发生。
出口备案单证丢失处理方法
根据《国家税务总局关于发布<出口货物劳务增值税和消费税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第24号）的规定，出口企业和其他单位应当妥善设置、使用和保管有关出口货物的退（免）税账簿、凭证、资料。若发生出口备案单证不慎丢失的情况，应依照以下程序处理：
一、备案单证丢失的处理
1. 立即报告: 一旦发现备案单证丢失，应立即向主管税务机关报告，详细说明丢失的原因、时间、地点及已采取的措施。
2. 提供相关证明: 提供能够证明备案单证确实丢失的相关证据，如快递单据、报案证明等。
3. 接受税务机关处理: 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条的规定，主管税务机关应对未按规定设置、使用和保管有关出口货物退（免）税账簿、凭证、资料的行为进行处罚。企业应积极配合，按要求提供所需材料并接受处理。
二、注意事项
1. 企业应建立健全内部管理制度，确保备案单证的完整和安全。
2. 定期对备案单证进行检查和整理，确保无遗漏、无损坏。
3. 一旦发现丢失，立即行动，及时报告并采取措施，避免进一步损失。
所有出口企业和其他单位都应严格遵守相关规定，确保出口货物退（免）税账簿、凭证、资料的安全与完整。对于发生的任何丢失情况，都应及时向税务机关报告并配合处理，以避免不必要的税务风险。
