根据国税发[2006]187号通知，房企开发的地下车库等公共设施，如果建成后产权属于全体业主所有或者无偿移交给政府用于非营利性社会公共事业，其成本、费用可以扣除；若是有偿转让，则应计算收入并准予扣除成本、费用。因此，房企地下车库的成本处理需视具体情况而定，不一定需要缴纳土地增值税。
房地产开发企业土地增值税清算管理相关解析
关于房地产开发企业土地增值税清算管理，有一系列明确的通知规定。其中，国税发[2006]187号文件中详细阐述了关于地下车库的处理方式。
一、明确通知内容
该通知明确指出，对于房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的各种公共设施，如居委会和派出所用房、停车场（库）等，其处理原则依据其产权归属而定。
二、产权归属与成本处理
1. 若地下车库建成后产权属于全体业主所有，其相关的成本、费用可以从土地增值税中扣除。
2. 若是无偿移交给政府或公用事业单位，用于非营利性社会公共事业，其成本、费用同样可以扣除。
3. 若地下车库建成后有偿转让，那么这部分收入将被计算在内，同时其成本、费用也被准予扣除。
三、注意事项
在进行土地增值税清算时，房地产开发企业需严格按照上述规定处理相关账务，确保符合税务部门的要求。企业还应保留好相关凭证和资料，以便税务部门核查。
以上内容基于国税发[2006]187号文件的规定，企业在实际操作中应仔细核对，确保合规操作。
