针对外贸企业丢失增值税专用发票的问题，国家税务总局规定了相应的处理办法。企业在增值税专用发票认证相符后，可根据不同情况凭记账联复印件、销售方出具的已报税证明单等文件向主管出口退税的税务机关申报退税。但主管出口退税的税务机关需加强审核，确保信息的准确性，并按现行规定办理退税。
关于专用发票丢失后的退税处理流程
根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）的规定，针对外贸企业丢失增值税专用发票的情况，退税流程如下：
一、丢失已开具增值税专用发票的抵扣联和发票联
当外贸企业丢失已开具的增值税专用发票的抵扣联和发票联时，首先需要进行增值税专用发票的认证。认证相符后，可以凭借增值税专用发票的记账联复印件以及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经过购买方主管税务机关的审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
二、仅丢失已开具增值税专用发票的抵扣联
如果外贸企业仅丢失已开具增值税专用发票的抵扣联，在增值税专用发票认证相符后，可以凭借增值税专用发票的发票联复印件，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
退税审核要求：
对于以上两种情况，主管出口退税的税务机关必须加强出口退税审核。在增值税专用发票信息比对无误的情况下，按照现行的出口退税规定办理出口退税事宜。
企业在处理退税事宜时，需确保所提供的复印件和证明文件真实、完整，并符合税务机关的要求。同时，应密切关注税务政策的更新，确保操作符合最新的税务法规。
