专项应付款会计分录处理如下：企业收到政府拨入的具有专项或特定用途的款项时，借：银行存款等，贷：专项应付款。当这些款项用于工程项目建设时，借：在建工程等科目，贷：银行存款/应付职工薪酬等。工程项目完工后，对于形成长期资产的部分，借：专项应付款，贷：资本公积—资本溢价。
专项应付款会计分录操作指南
根据《企业会计准则应用指南》中的科目使用说明，关于“专项应付款”科目的操作如下：
一、企业收到政府拨入款项时
1. 会计分录：
借：银行存款等科目
贷：专项应付款科目
二、将政府拨款用于工程项目建设时
1. 会计分录：
借：在建工程等科目
贷：银行存款/应付职工薪酬等科目
三、工程项目完工后，对形成长期资产的部分
1. 会计分录：
借：专项应付款科目
贷：资本公积——资本溢价科目
“专项应付款”科目主要核算企业取得的，由政府作为企业所有者投入的、具有专项或特定用途的款项。在操作过程中，需严格按照以上会计分录进行处理，确保账务的准确性与合规性。同时，对于每一笔款项的流向与用途，都需要有明确的记录与核对，确保企业的财务透明与合规。
以上内容仅供参考，具体会计处理需结合企业实际情况进行操作。
