国家税务总局规定，土地增值税清算时确认收入的方式如下：若已全额开具商品房销售发票，则按照发票金额确认；若未开具或未全额开具发票，则按照销售合同所载的售房金额及其他收益确认。若销售合同中的商品房面积与实际测量面积不一致，需调整补、退房款后再计算土地增值税。
土地增值税清算时确认收入的方法
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号），在土地增值税清算过程中，确认收入的方式如下：
1. 已开具商品房销售发票的情况
当纳税人已全额开具商品房销售发票时，土地增值税清算时的收入确认将依据发票所载的金额。这意味着，发票金额将作为计算土地增值税的基础。
2. 未开具或未全额开具发票的情况
对于未开具发票或未全额开具发票的商品房销售，收入将按照交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益来确认。
销售合同与实际测量面积不一致的情况
当销售合同所载的商品房面积与有关部门实际测量的面积存在不一致时，且在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时进行相应调整。这意味着，实际的售房金额将作为计算土地增值税的依据，确保税收的公正性。
在进行土地增值税清算时，务必遵循以上规定，确保收入的确认准确无误，从而保障税收的合规性。
