纺织厂收购棉花时计税方式依据国税函[2001]248号文件规定。对于增值税一般纳税人的棉花经营单位，可按13%（最新税率9%）税率计算抵扣进项税额。而良种棉加工厂和纺织企业直接向农业生产者购进的免税棉花，则按9%税率抵扣。具体税率和抵扣方式需根据企业类型和购买对象而定。
纺织厂收购棉花的计税方式
根据国税函[2001]248号文件的规定，针对棉花经营单位，若其属于增值税一般纳税人，在向农业生产者购进免税棉花时，可依据农产品收购凭证上注明的收购金额，按照13%的税率（根据最新政策，税率为9%）计算并抵扣进项税额。这一政策适用的“棉花经营单位”并不包括良种棉加工厂和纺织企业。
对于良种棉加工厂和纺织企业，若它们直接向农业生产者购进免税棉花，则应按9%的税率进行抵扣。
棉花经营单位的税务处理
当棉花经营单位从农业生产者处购进棉花时，可按照以下方式进行税务处理：
1. 记录收购凭证，明确注明收购金额。
2. 根据收购金额，按照9%（或之前的13%）的税率计算进项税额。
3. 在税务报表中进行相应的抵扣操作。
良种棉加工厂及纺织企业的税务处理
对于这两类企业，直接从农业生产者购进的免税棉花，应按照以下步骤进行税务操作：
1. 登记收购记录，确保信息准确。
2. 按照9%的税率计算进项税额。
3. 在税务系统中完成抵扣申报。
以上内容严格按照国税函[2001]248号文件的规定进行说明，确保了税务操作的准确性和合规性。
