总分公司在实际发生业务时可以互相开发票。如果分公司和总公司独立核算，按市场公允价格计算劳务和商品价值，避免关联交易的不合理现象。税务机关有权调整不合理的关联交易。
总分公司之间的业务往来与发票开具
总分公司之间在实际发生业务往来时，可以互相开具发票。若分公司与总公司实行独立核算，双方确实存在业务交易，那么互相开具发票是合理的。但在开具发票时，需遵循市场公允价格的原则，准确反映劳务或商品的实际价值，不得随意设定价格，涉及关联交易时需特别注意。
关于关联交易，若其与市场交易价格存在显著差异，税务机关有权进行调整。总分公司之间的业务往来应透明、合规，确保符合税务规定。在实际操作中，双方应确保业务往来的真实性和合理性，避免任何形式的虚假交易或不合规行为。同时，加强内部财务管理，确保发票开具的合规性，避免因不当操作带来的税务风险。
