员工工资和社保不在同一单位时，需要分别预扣预缴个人所得税，员工次年自行办理汇算清缴。个人所得税需按工资发放和社保扣缴分别在两处进行，企业所得税则根据服务单位在相应企业列支，发放与列支单位不一致时需结算，且税前扣除凭证需合规。
工资与社保不在同一单位处理指南
当员工的工资与社保由不同单位发放时，员工属于在中国境内两处以上取得工资薪金的居民个人。针对这种情况，母子公司需分别预扣预缴个人所得税。员工在次年自行办理汇算清缴，确保税务合规。
个人所得税处理
对于个人所得税，若工资与社保发放地点不同，则相应扣缴个人所得税的地点也分开处理。具体来说：
工资社保一处发放，一处扣缴税款。
若工资在两处发放，则两处均需分别扣缴个人所得税。员工在年度末进行个人汇算清缴，确保税务准确。
企业所得税处理
对于企业而言，服务提供地决定了税务的列支地点。也就是说：
当员工为企业提供服务时，应在服务提供的企业列支相关费用。
若发放单位与列支单位不一致，双方需进行结算，确保费用归属正确。在此过程中，务必注意税前扣除凭证的合规性。
在处理此类情况时，务必遵循税法规定，确保税务处理的准确性。同时，加强内部管理，避免税务风险。对于企业和员工而言，保持沟通，共同维护双方的权益和税务安全。
