海关进口增值税缴款书丢失后，纳税人需按照国家税务总局的规定处理。在开具之日起180日内，凭报关地海关出具的相关已完税证明向主管税务机关申请审核。审核通过后，将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对，无误后方可计算进项税额。因此，纳税人需及时采取补救措施，确保合规操作以避免不必要的税务风险。
海关进口增值税缴款书丢失的处理流程
当海关进口增值税缴款书不慎丢失时，根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函【2009】第617号）的规定，需按以下流程处理：
一、增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在开具之日起180日内，凭报关地海关出具的相关已完税证明向主管税务机关提出申请。
二、主管税务机关在收到申请后，应当进行审核。审核过程中，会将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。
三、只有当稽核比对无误后，方可允许计算进项税额。为确保流程顺利进行，纳税人需确保所提供的证明文件和资料真实、完整。
具体步骤为：
1. 提交申请：携带海关出具的已完税证明至主管税务机关。
2. 审核流程：税务机关对提交的资料进行审核。
3. 稽核比对：将缴款书电子数据纳入系统比对。
4. 计算进项税额：比对无误后，允许纳税人计算进项税额。
请注意，整个处理过程需严格按照规定的时间和流程进行，以确保纳税人的权益。
