根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》，员工出差发生的交通费若取得合理发票，可以进行抵扣进项税。包括增值税电子普通发票、航空运输电子客票行程单、铁路车票以及公路、水路等其他客票，都有相应的税额计算方式。具体计算方式根据票据类型不同而有所区别。
员工出差交通费进项税抵扣详解
根据《财政部税务总局海关总署关于增值税改革的最新政策公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号），员工出差发生的交通费是可以抵扣进项税的。以下是详细的抵扣规定：
一、增值税电子普通发票的抵扣
对于取得的增值税电子普通发票，可直接按照发票上注明的税额进行抵扣。
二、航空运输发票的抵扣计算
若员工出差乘坐飞机，取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单，其进项税额的计算公式为：航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%。
三、铁路车票的抵扣计算
对于铁路车票，进项税额的计算方式为：铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%。
四、公路、水路等其他客票的抵扣计算
对于公路、水路等其他客票，进项税额的计算公式为：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%。
以上规定为员工出差交通费用的进项税抵扣的详细指南。务必确保取得的发票及票据真实有效，并妥善保存以备查验。同时，企业在进行税务处理时，应遵循相关税法规定，确保合规操作。
