国家税务总局规定，股东内部转让股权个人所得税的申报方式为以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。申报方法可以通过个税申报系统代扣代缴或大厅手工申报。在股权转让时，应当遵循公平交易原则确定股权转让收入。若存在特定情形，如申报的股权转让收入明显偏低、未按时办理纳税申报等，主管税务机关可以核定股权转让收入。
关于股东内部转让股权个人所得税申报的说明
根据国家税务总局公告2014年67号规定，关于个人转让股权的相关税务处理，具体申报个人所得税的方式如下：
一、应纳税所得额的计算
个人转让股权时，其应纳税所得额是股权转让收入减去股权原值和合理费用。其中，“财产转让所得”是主要的纳税对象。合理费用指的是在股权转让过程中按规定需要支付的有关税费。
二、股权转让收入的确定原则
股权转让收入应按照公平交易原则进行确定，确保交易的公正性和合法性。
三、核定股权转让收入的情形
在以下特定情况下，主管税务机关可以核定股权转让收入：
1. 申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的。
2. 未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的。
3. 转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料。
4. 其他应核定股权转让收入的情形。
四、申报方法
个人所得税的申报可以通过个税申报系统进行代扣代缴，也可以前往税务大厅进行手工申报。
股东在进行内部股权转让时，应严格按照上述规定进行个人所得税的申报，确保税务处理的合规性。同时，在申报过程中应注意保留好相关凭证和资料，以便税务部门的核查。
