根据国家税务总局公告，货物运输损失需要经过专项申报才能在税前扣除。损失金额应为计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，需要提供相关证据材料确认。同时，非正常损失的购进货物及相关应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣，非正常损失指因管理不善造成的被盗、丢失、霉烂变质的损失。
货物运输损失如何申报税前扣除
根据《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告〔2011〕第25号），企业发生的货物运输损失要在税前扣除，必须遵循一定程序和要求向主管税务机关申报。未经申报的损失不得在税前扣除。申报扣除应以专项申报方式进行。损失金额的计算为计税成本减去残值及责任人赔偿后的余额。
要确认损失金额，企业需要提供以下证据材料：
一、存货计税成本的确定依据
企业应提供关于存货计税成本的准确依据，这是确定损失金额的基础。
二、存货报废、变质、残值情况说明及核销资料
企业需详细说明存货报废、变质及残值情况，并提供相关核销资料。
三、责任人赔偿情况说明
若涉及责任人赔偿，企业需提供赔偿情况的相关说明。
四、损失金额较大的补充证据
对于损失金额较大的情况，企业应提供专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告。
另外，根据《增值税暂行条例》第十条规定，非正常损失的购进货物及相关应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。而《增值税暂行条例实施细则》第二十四条进一步明确了非正常损失的定义，指因管理不善造成的被盗、丢失、霉烂变质的损失。企业在申报货物运输损失时，需确保提供的所有资料与法规要求相符，确保税务处理的合规性。
