根据国家税务总局的规定，公司在注销时，存货不需要将进项税额转出，留抵税额也不予以退税。也就是说，如果公司注销后还有未使用的增值税留抵税额，这些税额是不能退回的。此外，如果公司由一般纳税人转为小规模纳税人，同样适用这一规定。因此，公司在关闭前需要合理规划税务问题，避免留抵税额过多。
公司关闭时留抵税的处理方式
根据《国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定，针对一般纳税人注销或被取消辅导期资格转为小规模纳税人时，其存货处理与留抵税额的处理方式如下：
存货处理：
一般纳税人注销时，存货不需作进项税额转出处理。
留抵税额处理：
当公司关闭或注销时，其留抵税额不予退税。这意味着，公司不得申请退还其留存的增值税进项税额。
要求注意事项：
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以上内容仅根据公司关闭时留抵税的处理方式进行了简要描述，具体细节和操作请咨询专业税务人员。
