专项应付款和政府补助是企业与政府之间资金往来的两种形式。专项应付款是企业从政府获得的具有专项用途的资金，属于所有者投入的资本；政府补助则是政府无偿给予企业的资产。两者在性质、形式、会计核算等方面存在区别。专项应付款形成资产，影响企业所有者权益；政府补助则影响企业利润。
专项应付款与政府补助的明确区分
企业的财务运作中，专项应付款与政府补助是两种不同性质的资金流。专项应付款主要描述企业的专项资金对外发生的各种应付和暂收款项，其中政府拨入资金属于所有者投入的资本。
一、性质上的区分
专项应付款：体现国家作为投资者向企业投入资本，企业享有相应的所有权，并需向投资者分配利润。
政府补助：指企业从政府无偿获得的货币或非货币性资产，不包括政府作为所有者投入的资本。
二、形式上的差异
专项应付款通常为企业收到的政府拨入的货币资金，具有专项用途。
政府补助的形式更为多样，包括财政拨款、先征后返的税款、行政划拨的土地使用权等。
三、会计处理
专项应付款使用后会形成资产，记入资本公积，直接影响企业的所有者权益。
政府补助的种类多样，包括与资产相关的、与日常活动相关的、与销售商品服务等活动密切相关的以及救济补助等。采用总额法核算时，这些补助会影响企业的利润。
四、具体表现
政府拨入的投资补助等专项拨款，若按国家相关文件规定作为资本公积处理，这属于资本性投入，并不属于政府补助。而企业从政府获得的各种形式的无偿资产，则明确归类为政府补助。
理解这两者的区别对于企业正确进行会计核算、合理进行财务规划至关重要。
