分支机构与总机构不在同一县(市)的，应分别向所在地主管税务机关申报纳税。若分公司办理了税务登记，则为独立增值税纳税人，单独申报缴纳增值税；若经国务院财政、税务主管部门批准未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳。具体认定和纳税方式需根据国务院相关部门规定执行。
分支机构如何认定并纳税
总机构和分支机构不在同一县(市)的，应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。这意味着，分支机构需根据其所在地的税务规定，独立进行税务登记、申报和缴纳税款。
对于分公司而言，情况如下：
一、独立税务登记与申报
若分公司办理了税务登记，则其在法律上被视为一个独立的增值税纳税人。这意味着分公司应单独进行增值税的申报和缴纳。此时的税务处理，可视为分公司有独立的收入与支出，需据此进行税务核算与申报。
二、汇总申报的可能性
经国务院财政、税务主管部门或其授权的机构批准，总机构有权汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。这种情况下，未办理税务登记的分支机构，其增值税将由总机构统一汇总缴纳。这种汇总申报的方式，为大型企业提供了更为便捷的税务管理方式。
在具体的税务操作中，分支机构应严格遵守所在地的税务规定，确保及时、准确地完成税务申报与缴纳。同时，总机构在汇总申报时，也需确保数据的真实性与准确性，避免可能出现的税务风险。通过这样的方式，企业既能确保自身的税务合规，也能提高税务工作的效率。
