施工单位按合同金额计算印花税，如合同金额分别列示了金额和税额，则按不含税金额缴纳；未分别列示的，按含税金额缴纳。建筑安装工程承包合同的印花税率为合同承包金额的万分之三。
施工单位缴纳印花税的方式如下：
根据合同金额来计算印花税。如果合同金额明确区分了金额和税额，那么按照不含税金额来缴纳印花税。这意味着，在合同中列明的金额如果是净数额，不包含任何税费，那么应以此金额作为印花税的计税依据。反之，如果合同金额并未明确区分金额和税额，那么则按照含税金额来缴纳印花税，即包含了增值税等税费的总额。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》的规定，建筑安装工程承包合同的印花税计算方式为合同承包金额的万分之三。也就是说，施工单位需要根据承包的合同金额，按照万分之三的税率计算并缴纳相应的印花税。
一、印花税计算基础
合同金额是计算印花税的基础。合同金额中若包含增值税等税费，则为含税金额；若仅包含纯合同金额，则为不含税金额。
二、税率规定
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》，建筑安装工程承包合同的印花税税率为万分之三。施工单位需依据合同承包金额，按照此税率计算应缴纳的印花税。
三、缴纳方式
1. 若合同明确区分金额和税额，则按不含税金额缴纳。
2. 若合同未明确区分，则按含税金额缴纳。
施工单位在缴纳印花税时，应确保严格按照合同金额及上述规定进行计算和缴纳，确保合规操作并遵守国家税收法规。
