收到物流公司的赔款，不属于增值税征税范围，无需缴纳增值税。收到赔款时，应先弥补相关损失，如有余额需缴纳企业所得税。若车辆维修发票开给甲公司，赔款记入“营业外收入”，维修费用记入“管理费用”；若开给保险公司，赔款记入“其他应付款”，差额部分若小于维修费则记入“营业外收入”。
收到物流公司的赔款做账流程如下：
一、保险赔款的处理
1. 收到的保险赔款不属于增值税征税范围。不需要交纳增值税。
二、赔款的分配
收到保险赔款后，应首先用于弥补维修车辆等产生的损失。如果赔款在覆盖这些损失之后还有余额，那么这部分余额应按规定计算并缴纳企业所得税。
三、不同开票方式的账务处理
1. 车辆维修发票开给甲公司的情况：
当车辆维修发票开给甲公司时，甲公司收到的保险赔款应记入“营业外收入”科目。而维修车辆发生的费用则记入“管理费用”。
2. 车辆维修发票开给保险公司的情况：
若车辆维修发票是直接开给保险公司的，甲公司在收到保险赔款时，应将其记入“其他应付款”科目。在维修车辆后，维修企业开具发票给保险公司，此时甲公司应借记“其他应付款”。若维修费用小于保险赔款，其差额部分应记入“营业外收入”。
具体账务处理方式如下：
保险赔款收到时：
借：银行存款
贷：[若维修发票开给甲公司，则记为] 营业外收入
或
[若维修发票开给保险公司，则记为] 其他应付款
维修费用发生时：
借：[相关费用科目，如管理费用]
贷：银行存款 (支付维修费用)
维修后发票开具：
借：其他应付款 (针对保险公司)
贷：银行存款 (支付维修发票金额) 差额部分记入营业外收入。
