国税函[2008]607号规定，对于失控增值税专用发票，如果增值税一般纳税人申请报税，主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统受理。对于购买方已经认证的失控发票，需移交稽查部门协查。若销售方已申报并缴纳税款，可出具书面证明并回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
关于失控发票抵扣问题的解析
根据国税函[2008]607号规定，针对税务机关登记为失控的增值税专用发票（简称失控发票），后续处理流程如下：
一、报税处理
增值税一般纳税人若向税务机关申请防伪税控报税，其主管税务机关能够通过报税子系统的逾期报税功能进行受理。这一环节确保了纳税流程的顺畅进行。
二、失控发票的认证与处理
购买方主管税务机关在认证过程中发现的失控发票，应当按照既定程序移交稽查部门，进行协同检查。这是为了维护税收秩序，确保发票的真实有效性。
三、销售方已申报并缴税情况
对于销售方已经申报并缴纳税款的失控发票，销售方主管税务机关可出具书面证明。通过协查系统回复购买方主管税务机关，此时，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。这一规定确保了交易的公平性，同时保障了纳税人的合法权益。
在处理失控发票时，需严格按照规定流程操作，确保信息的真实性和准确性。同时，各级税务机关应加强沟通协作，共同维护税收秩序，保障税收安全。
