行政事业单位内部控制薄弱的主要原因如下：
一、内部控制意识的淡薄
良好的内部控制意识是内部控制制度设计完善和有效运行的基本前提。然而，在一些单位，领导对内部控制制度的重要性认识不足，内控意识薄弱。他们注重业务发展，但轻视内部控制，对内部控制知识缺乏基本了解，错误地认为内部控制仅是财务部门的职责。
二、内部控制制度的不完善
尽管财政部制定了《内部会计控制规范》，但这一规范主要针对企业，对行政事业单位的适用性相对较差。部分行政事业单位虽然制定了一系列内部控制制度，但在执行过程中未能严格实施，对制度的执行及效果缺乏必要的监督。这导致了有章不循、违章不究的现象，使得内部控制制度未能发挥应有的作用。
三、信息与沟通的衔接不畅
行政事业单位实行会计集中核算后，会计核算中心负责集中办理核算和监督业务。但由于会计主体单位与核算部门之间的沟通衔接不够，容易出现账物分离的资产管理现状。这种情况导致了核算中心管账不管物、核算单位管物不管账的问题，从而影响了单位内部控制制度的有效实施。
四、管理人员业务素质不足
管理人员缺乏竞争意识与创新精神，业务素质不能满足实施内部控制和监督的要求。这一现状使得单位在推行内部控制制度时面临人员执行力度不足的困境。
五、外部监督的缺失
作为行政事业单位主要外部监督力量的财政、审计部门，其监督重心更多偏向于单位财政资金的合法性、合规性。对被审计单位是否建立有效的内部控制制度以及执行情况缺乏实质性的检查。这种外部监督的缺失，使得行政事业单位内部控制体系完善缺乏外部推动力和约束机制。
