发票超过三个月的处理方式不再受时间限制。对于增值税一般纳税人取得的增值税专用发票等，自2017年1月1日起，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限要求。即使发票开具时间在2016年12月31日及以前，只要符合规定条件，仍可以继续抵扣进项税额。具体规定可查询国家税务总局相关公告。
发票超过三个月的处理方式
发票超过三个月，其实并无需过于担心。最新的增值税发票认证政策已经取消了期限限制。具体细则如下：
一、对于增值税一般纳税人而言，取得2017年1月1日及之后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票以及收费公路通行费增值税电子普通发票，已经没有认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限限制。这一政策的实施，为纳税人提供了更为灵活的时间安排。
二、对于2016年12月31日及之前开具的增值税专用发票等票据，虽然可能已经超过了认证确认、稽核比对、申报抵扣的常规期限，但如果符合特定规定条件，仍然可以继续抵扣进项税额。
关于这一政策的详细规定，可参照《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）。现行的政策为纳税人提供了更为宽松的环境，有助于更好地管理财务和税务事项。
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