根据国家税务总局的规定，年终奖的计税方法每年只允许采用一次。如果企业选择分两次发放年终奖，那么其中一次应并入当月工资收入计算个税，而另一次则可以作为单独的一次年终奖核算。因此，在申报个税时，需按照实际发放情况合理计算并申报，确保符合税务规定。
关于年终奖分两次发放的个人所得税申报方式
根据国家税务总局的国税发[2005]9号规定，对于个人取得的全年一次性奖金等收入，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，年终奖金的计税方法仅可使用一次。当企业选择分两次发放年终奖时，需特别注意税务处理。以下为具体申报方式：
一、关于年终奖的计税方法
若企业选择将年终奖分两次发放，那么其中一次的奖金应并入该月的工资收入，以此为基础计算个人所得税。而另一次的奖金则可单独作为年终奖进行处理。
二、具体申报流程
1. 对于并入工资部分的奖金：
纳税人需将此笔奖金加入当月工资收入，然后按照相应的税率计算个人所得税。
2. 对于单独作为年终奖的部分：
可参照全年一次性奖金的计税方法进行处理，纳税人需特别注意不可与第一次奖金的计税方式混淆。
三、注意事项
纳税人在进行个税申报时，应确保所有信息的准确性，避免因奖金发放方式的不同而产生税务风险。同时，企业也应对此进行规范管理，确保税务处理的合规性。
为了确保税务处理的准确性，建议企业和个人在进行申报前，详细了解和遵循国家税务总局的相关规定。
