担保公司收取的担保费账务处理方式如下：
一、基本账务操作
担保费收入应记入财务费用科目。当担保公司收到担保费用时，会计分录为：借：银行存款科目，贷：财务费用科目。
二、关于增值税的处理
根据营业税改征增值税试点过渡政策的规定：
1. 第二十四条，符合条件的担保机构从事中小企业信用担保或再担保业务所取得的收入（不包括信用评级、咨询、培训等收入）在3年内免征增值税。
2. 若担保机构符合免税政策并且按照这一政策执行，那么担保公司不得对外开具增值税专用发票。
3. 当企业支付担保费用，若对方（担保公司）不享受免税政策且能够按规定开具或代开增值税专用发票，其进项税额是允许在销项税额中进行抵扣的。
三、注意事项
企业在处理与担保公司的账务往来时，应确保充分了解对方的免税情况，并确认是否能够开具增值税专用发票。同时，企业在做账时应确保遵守相关财税法规，确保账务处理的准确性。
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