根据国家税务总局的规定，对于已经领取税务登记证的企业，在变更取得新的统一社会信用代码后，原发票专用章继续有效。如果纳税人识别号与发票专用章不一致，如果是由于代码变更导致的，可以继续使用；如果不是，则不能使用。因此，需要确保纳税人识别号和发票专用章的一致性。
纳税人识别号与发票专用章不一致时的相关规定
根据《国家税务总局关于推进三证合一进一步完善税源管理有关问题的通知》（税总函〔2015〕645号）的规定，对于纳税人识别号与发票专用章不一致的情况，有以下处理办法：
对于改革前已经领取税务登记证的存量企业，若在变更后取得了18位统一社会信用代码，其原有的发票专用章、CA证书以及财税库银协议将继续保留原法律效力，并可以继续使用。这种情况下，纳税人识别号与发票专用章的不一致是可以接受的。
但如果非上述情况，即纳税人识别号与发票专用章不一致并非因改革导致的代码变更，则不能使用。这主要是为了确保税务管理的规范性和准确性，避免可能出现的税务风险。企业在使用过程中应当注意核对各项信息，确保税务工作的顺利进行。
