企业在注销时，如果存在未抵扣的增值税进项税或留抵税额，根据相关规定，税务机关不再退税。对于存货，不需要做进项税额转出处理。在注销清算时，企业应处理完所有进项和销项税额，确保无余额。若转为小规模纳税人，留抵税额也不予退税。需严格遵守税收政策和规定。
在企业注销过程中，遇到进项有留抵税额或者进项未认证的情况，处理需遵循一定规定。在清算时，若增值税进项税未抵扣完毕，对于纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及之后出现的进项税额大于销项税额的不足抵扣部分，税务机关不会再进行退税。
根据《关于增值税若干政策的通知》中的相关规定，一般纳税人注销时，其存货及留抵税额的处理需特别注意。当一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，存货不需要作进项税额转出处理，留抵税额也不予以退税。
针对这种情况，企业在实际操作中应做好以下几点：
一、留抵税额处理
在注销过程中，若企业存在留抵税额，需了解相关政策规定，不可随意处理。根据税务部门的规定，留抵税额在注销时不予以退税。企业应对此进行充分的了解和准备。
二、进项未认证的处理
对于未认证的进项，企业应在注销前尽量完成认证工作。若确实无法完成，需向税务部门说明情况，并依据相关规定进行处理。
三、借贷分录格式
在处理留抵税额和未认证进项时，企业需按照会计规定，合理进行借贷分录的录入。确保账务处理的准确性和规范性。
企业在面对注销时的税务问题，应充分了解相关政策和规定，做好充分的准备工作，确保注销过程的顺利进行。
