企业在建工程预付工程款时，会计分录为借：预付账款，贷：银行存款。收到非不动产和不动产对应发票时，分别处理，前者借：在建工程、应交税费，贷：预付账款、银行存款（剩余部分）；后者借：在建工程，贷：预付账款、银行存款。对外工程分包部分，借：工程施工-合同成本，应交税费，贷：银行存款。整体而言，就是按照实际交易情况，做好预付、收款和成本分摊的会计处理。
预付工程款与发票会计分录处理指南
一、企业预付工程款阶段
当企业预付工程款时，会计分录如下：
借：预付账款
贷：银行存款
二、企业收到非不动产对应发票时
1. 收到发票后，将款项记入在建工程，并处理相应的税费：
借：在建工程
应交税费-应交增值税（进项税额）
2. 剩余部分款项支付时：
借：（若有）银行存款（支付剩余款项）
贷：预付账款
三、企业收到不动产对应发票时
收到关于不动产的发票后，进行如下会计处理：
借：在建工程
贷：预付账款（已预付部分）
银行存款（支付剩余款项）
若涉及对外工程分包部分，则会计分录为：
借：工程施工-合同成本（分包部分）
应交税费-应交增值税（进项税额）
贷：银行存款（支付分包款项）
以上会计分录遵循了企业会计原则，确保了账务处理的准确性。在操作过程中，确保每笔款项的流向与账目记录相符，保证会计信息的真实性和完整性。
