实际付款少于发票金额时，会计分录应记录实际发票金额并挂往来科目处理差额。具体为借库存商品和应交税费，贷应付账款。支付款项时，借应付账款，贷银行存款。若少支付的差额体现在应付账款贷方，后期支付继续借应付账款，贷银行存款；若不再支付，则将应付账款贷方余额转为营业外收入。
实际付款少于发票金额的会计分录处理方式如下：
以实际发票金额入账：
1. 当实际付款少于发票金额时，首先将实际发票金额进行入账。此时的会计分录为：
借：库存商品
借：应交税费-应交增值税-进项税额
贷：应付账款
差额部分暂时挂账，即挂在往来科目中。
后期支付款项时的处理：
2. 后续支付款项时，会计分录为：
借：应付账款
贷：银行存款
少支付的差额部分在应付账款的贷方体现，直观反映了实际付款与发票金额的差额。
后期继续支付或不再支付的处理：
3. 若后期仍需继续支付差额部分，则继续按照上述分录进行账务处理。
借：应付账款
贷：银行存款
4. 若后期不再支付差额部分，则将此差额视为收入。会计分录为：
借：应付账款
贷：营业外收入
通过这种方式，确保了账务处理的准确性，并清晰反映了企业与供应商之间的往来款项。
