根据财税〔2017〕37号通知，农业免税普通发票可以抵扣进项税额。纳税人购进农产品，取得的销售发票是农业生产者销售自产农产品时开具的普通发票。抵扣方式包括按增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书、按小规模纳税人取得的增值税专用发票、按农产品销售发票或收购发票等。对于用于生产特定货物的农产品，还有加计扣除1%的政策。不同的核定方法如投入产出法、成本法、参照法可用于计算核定扣除。核定的进项税额可结转或调整。
农业免税普通发票抵扣增值税进项税额详解
根据财政部国家税务总局的相关通知，农业免税普通发票在特定情况下可抵扣增值税进项税额。具体规定如下：
一、纳税人购进农产品时，除特定情况外，若取得一般纳税人开具的增值税专用发票等，以注明的增值税额为进项税额。
二、从按简易计税方法缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以发票注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
三、对于农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票，同样可以抵扣。
具体到农产品加计扣除1%的计算，若纳税人购进农产品用于生产或委托加工13%税率货物，将按照10%的扣除率计算进项税额，为农产品深加工提供1%的加计扣除。计算公式为：可抵扣的进项税额=原材料成本×1%。
对于特定货物如液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油等，一般纳税人购进农产品为原料生产销售时，有三种核定方法：投入产出法、成本法、参照法。这些方法用于计算核定扣除的农产品增值税进项税额。
投入产出法
当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率÷（1+扣除率）
成本法
当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率÷（1+扣除率）
参照法
对于新办试点纳税人或新增产品，可参照行业或生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品耗用数量。核定的进项税额与实际抵扣额有差额的，可结转下期继续抵扣或做转出处理。
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