企业破产清算时，留抵税额的处理方式是根据财税[2009]60号文件规定，以可变现价值或交易价格确认资产转让所得或损失。在分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产前，需先以销售、抵顶债务方式处理存货和固定资产，用增值税销项税金抵减留抵税额。若留抵税额未抵减完毕，则不再退税，留抵税额应作为负债清偿损益处理。
企业破产清算中留抵税额的处理方式
根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号），企业清算时，其资产处理方式需遵循一定规定。当企业面临破产清算时，其全部资产应按照可变现价值或交易价格来确定资产转让的所得或损失。
一、资产清算与增值税处理
在企业向股东分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产之前，应首先以销售或抵顶债务的方式处理这些资产。在此过程中，可以通过增值税销项税金来抵减留抵税额。
二、留抵税额的处理
1. 若留抵税额完全抵减完毕，企业需要缴纳相应的增值税。
2. 若留抵税金未完全抵减，而存货和已抵扣进项税金的固定资产仍需作为剩余财产分配给股东，则税务机关不再为这部分留抵税金办理退税。
三、留抵税额的账务处理
鉴于留抵税额属于“应交税费”的一部分，在账务处理上，应将其作为“负债清偿损益”来处理。
在企业破产清算过程中，正确处理留抵税额是至关重要的。这不仅涉及到企业的财务稳定，也关系到税务合规。企业在清算过程中应严格按照财税[2009]60号通知的要求进行操作，确保税务处理的准确性和合规性。
