应缴国库款和应缴财政专户款是事业单位中两种不同的资金上缴方式。应缴国库款是指事业单位按规定取得的应上缴国家预算的各种款项，包括纳入预算管理的基金、行政性收费收入、罚没收入等。而应缴财政专户款则是事业单位代收的应上缴财政专户的预算外资金。从2011年起，除教育收费外，其他预算外资金全部纳入预算管理，这意味着应缴财政专户款的使用逐渐减少。
应缴国库款与应缴财政专户款的区别
一、应缴国库款
应缴国库款是指事业单位依照规定取得的，需要上缴给国家预算的各种款项。这些款项包括：代收的纳入预算管理的基金、行政性收费收入、罚没收入、无主财物的变价收入以及其他按预算管理规定应上缴的款项，如固定资产的处置净收益和出租收入等。应缴国库款是事业单位需要上缴国家的重要财政收入。
二、应缴财政专户款
应缴财政专户款则是指事业单位依照规定代收的，应上缴财政专户的预算外资金。这里的预算外资金，指的是国家机关、事业单位和社会团体为履行职能，依据法律、法规收取的未纳入国家预算管理的财政性资金。值得注意的是，根据财政部的相关通知，从2011年起，大部分预算外资金已纳入预算管理，这意味着应缴财政专户款的规模在逐渐减小。
三、主要区别
两者的主要区别在于所涵盖的资金范围和性质。应缴国库款涉及的是所有需要上缴国家预算的款项，而应缴财政专户款特指那些未纳入国家预算管理的预算外资金。随着财政管理政策的调整，应缴财政专户款的规模逐渐减小，但两者在财政管理体系中仍各自扮演着重要的角色。
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