农产品免税发票抵扣操作包括取得专用发票和购进农业生产者自产的农产品销售发票或收购发票两种情况。对于取得专用发票，直接在综服平台选择“不抵扣勾选”，计算税额后填写在增值税申报表第六栏。对于购进农业生产者自产的农产品，以销售发票或收购发票上注明的买价和9%的扣除率计算进项税额，无需在综服平台进行抵扣勾选，直接填写在增值税申报表附表二的第六栏。若只有发票联，没有抵扣联，抵扣时按此操作即可。
农产品免税发票抵扣操作指南
一、取得的专用发票
当您取得用于抵扣的农产品免税发票时，可以直接在综服平台上选择“不抵扣勾选”。计算出的税额将直接填写在增值税申报表的第六栏——“农产品收购发票或者销售发票”。
二、购进农业生产者自产的农产品
当您购进农业生产者自产的农产品并取得销售发票或收购发票时，以发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。此类发票税率为免税，无需在综服平台进行抵扣勾选。
当需要进行税额抵扣时，直接填写增值税申报表（附表二）的第六栏——“农产品收购发票或者销售发票”。
针对学员提问：农产品免税发票只有发票联，没有抵扣联，如何进行抵扣操作？
如您收到的是农产品免税发票，仅有发票联，没有抵扣联，在填写增值税申报表时，直接填写相应的栏目，如“农产品收购发票或者销售发票”等，按照发票上注明的买价及扣除率计算进项税额，进行正常抵扣操作。
请注意，此类操作的税额抵扣没有时间限制。
