增值税专用发票税率3%的原因主要有两点：一是针对小规模纳税人对外自开或代开的增值税专用发票；二是针对一般纳税人采用简易征收的项目开具的专用发票，特定情形如建筑业的清包工方式、甲供工程、建筑工程老项目等可选择简易计税方法计税。
增值税专用发票税率3%的原因
当涉及到小规模纳税人对外自开或代开增值税专用发票时，以及一般纳税人采取简易征收的项目所开具的专用发票时，出现税率为3%的情况。根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号规定，建筑业在特定情形下可以选择简易征收，从而导致税率为3%。具体情形如下：
一、建筑业简易征收的特定情形
1. 一般纳税人以清包工方式提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税，此时增值税税率为3%。
2. 一般纳税人为甲供工程提供的建筑服务，同样可以选择适用简易计税方法，税率为3%。
3. 一般纳税人为建筑工程老项目提供的建筑服务，亦可选择适用简易计税方法，税率仍为3%。
二、政策依据与具体规定
根据财税〔2016〕36号文件，上述建筑业选择简易征收的情形下，开具的增值税专用发票税率为3%。这一税率适用于满足特定条件的一般纳税人和小规模纳税人，旨在简化税务处理并鼓励建筑业发展。
三、关于增值税专用发票的税率
对于增值税专用发 票而言，税率的选择与纳税人的身份以及提供的服务类型紧密相关。在建筑业中，当满足上述特定条件时，纳税人可以选择简易计税方法并享受3%的税率。这一政策为纳税人提供了税务优化的可能性，同时也促进了建筑行业的健康发展。
