公司车间改造和生产线改造发生的费用应计入在建工程科目。具体账务处理包括将固定资产账面价值转入在建工程，记录改扩建工程支出，替换部分的价值处理，被替换部分的变价收入处理，以及当改造达到预定可使用状态时的固定资产入账处理。整体处理过程中涉及多个会计科目，如在建工程、固定资产、银行存款、营业外支出和应交税费等。
生产线改造费用的会计科目处理
公司车间进行改造时，产生的费用需要进行准确的会计科目处理。具体的账务处理方式如下：
一、初始处理
对于车间改造支付的费用，首先应当计入在建工程科目。这意味着将相关资金和资源投入到生产线的改造过程中。
二、固定资产更新改造的账务处理
1. 固定资产账面价值转移：将现有的固定资产账面价值转入在建工程。分录为：借方的在建工程和累计折旧，贷方的固定资产。
2. 改扩建工程支出：发生改扩建相关的工程支出时，借方的在建工程，贷方的银行存款或其他相关科目。
三、替换与收入处理
3. 替换部分的价值处理：若生产线中有部分被替换，其账面价值应从在建工程中冲减。分录为：借方的营业外支出，贷方的在建工程。
4. 被替换部分的变价收入：被替换部分的变价收入应作相应处理。分录为：借方的银行存款，贷方的营业外支出及应交税费——应交增值税。
四、完工处理
当生产线改造达到预定可使用状态时，进行最后的账务处理。分录为：借方的固定资产，贷方的在建工程。
以上处理流程确保了生产线的改造费用能够准确、规范地记入相关科目，反映了公司资产的真实情况。
