总公司和分公司作为独立纳税人，各自独立核算和申报纳税。分公司取得的进项抵扣凭证不能在总公司进行抵扣。根据国家税务总局的规定，纳税人支付款项的单位必须与开具抵扣凭证的单位一致，才能申报抵扣进项税额。因此，分公司的发票需要在分公司本身进行抵扣，总公司无法直接使用分公司的发票进行抵扣。
分公司发票在总公司抵扣的相关说明
在增值税的核算体系中，总公司和分公司作为独立的纳税人，各自负有独立的核算和纳税申报责任。在日常的业务往来中，分公司与总公司间的交易应当独立作价，并且开具相应的发票。基于这一前提，以分公司名义取得的进项抵扣凭证是不能在总公司进行进项抵扣的。
为了进一步明确和细化这一内容，我们可以从以下几个方面展开讨论：
一、独立核算与纳税申报
总公司和分公司应当依据税收法律法规，各自进行独立的核算和纳税申报。这意味着两者在税务处理上拥有独立的权利和义务。
二、发票开具与业务往来
总公司与分公司之间的业务交易应当独立作价，并且开具发票。这是确保双方交易透明、合规的关键步骤。
三、进项抵扣的规定
根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）的规定，纳税人在购进货物或应税劳务，并支付运输费用时，所支付款项的单位必须与开具抵扣凭证的销货单位或提供劳务的单位一致。只有满足这一条件，才能申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
具体来说，如果分公司作为纳税人购买了货物或应税劳务，并支付了相应的款项，那么总公司想要抵扣这部分进项税额，必须确保支付款项的单位与开具抵扣凭证的销货单位一致。如果不一致，则无法完成抵扣。已经正式税务登记的分支机构，在符合条件的情况下，可以申请登记为一般纳税人，以便更好地处理税务事宜。
