个人所得税是根据应付工资薪金总额计算，具体计算过程中会扣除5000元的免征额、五险一金、专项附加扣除等，最后按照适用税率和速算扣除数计算应纳个人所得税额，而不是根据实发工资计算。
工资薪金个人所得税的计算基础是应付工资薪金总额。具体计算方式如下：
应税所得的计算
所得收入额减去固定的扣除项，如5000元的月份数乘以月份数（基本减除费用），以及“五险一金”的扣除金额，再减去其他专项附加扣除，如子女教育等，还有依法确定的其他扣除项和捐赠。这样得到的金额，即为应税所得。
具体公式
应纳个人所得税额 = (所得收入额 - 5000 × 月份数 - “五险一金”扣除 - 子女教育等专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除 - 捐赠) × 适用税率 - 速算扣除数。
税率与速算扣除数
根据应税所得的金额，对照个人所得税率表，确定相应的税率和速算扣除数。
这样的计算方式，确保了工资薪金个人所得税的公正性和准确性，同时也考虑了个人的实际负担和专项支出。每一项扣除都有其明确的含义和规定，确保了税收政策的透明性和合理性。
