分公司可以向总公司开票。根据增值税条例，分公司和总公司若不在同一县市，应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。分公司开具销项发票后，总公司可取得进项发票作为抵扣凭证。若未申请汇总申报纳税，分公司的进项税额应由分公司抵扣，总公司不得抵扣。因此，分公司可以独立开票给总公司，但需遵守相关税务规定。
分公司独立开票给总公司的相关税务问题解析
一、分公司开票给总公司的可行性
在增值税条例下，分公司是有权向总公司开具发票的。根据增值税的相关规定，固定业户应当向其所隶属的机构所在地的主管税务机关申报纳税。当总机构和分支机构不在同一县（市）时，两者应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
二、税务申报与抵扣规定
经上级税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，总机构可汇总向总机构所在地申报纳税。若未申请汇总申报纳税，分公司的进项税额应由分公司自行抵扣，总公司不得进行抵扣。这意味着分公司开具销项发票时，总公司可以取得进项发票，并作为抵扣凭证。
三、具体规定详解
1. 分公司独立开展业务时，需确保遵循增值税条例，合法开具发票。
2. 总公司和分公司不在同一县（市）的，需分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
3. 关于税务抵扣问题，分公司独立进行抵扣操作，总公司不能直接抵扣分公司的进项税额。但当分公司开具销项发票时，总公司可取得相应的进项发票用于抵扣。
四、总结
分公司根据增值税条例规定，在合法开展业务的前提下，可以向总公司开具发票。总公司与分公司之间的税务处理需严格遵守相关法规，并确保税务申报与抵扣操作的合规性。在实际操作中，双方应确保遵循税务部门的指导，确保业务的正常进行。
