自然人投资或控股的有限公司与法人独资的有限公司主要区别在于股东数量和性质。自然人投资或控股的有限公司由两个及以上的自然人共同投资成立，股东为自然人；而法人独资的有限公司则是由某一单位单独出资作为股东设立，股东为单位。
自然人投资或控股与法人独资有限公司的区别
自然人投资或控股的有限公司是由多位自然人共同出资组建的企业。这类公司的股权结构较为多元化，其股东为自然人，体现了民间资本参与企业经营的特点。
而法人独资的有限公司则是由某一单位独立出资设立的公司。其显著特点是只有一个股东，即该法人单位，体现了资本来源的单一性。
一、股东数量与性质的不同
自然人投资或控股的企业：
1. 由两个或更多的自然人共同投资成立。
2. 股东为自然人，即普通民众。
法人独资的企业：
1. 仅由某一法人单位作为股东设立。
2. 股东为单位，可以是其他公司、组织等。
二、企业特性的差异
这两种公司在股东性质、数量上的不同，决定了它们在经营决策、风险管理等方面的差异。自然人投资的公司更侧重于民间资本的灵活性和个人决策的效率；而法人独资的公司则可能更注重法人单位的长远战略和资源整合。
尽管两种公司在某些方面存在差异，但它们都是合法经营、自负盈亏的市场主体，为经济发展贡献力量。
