公司注销时，对于期初存货中尚未抵扣的已征税款以及进项税额大于销项税额后的不足抵扣部分，税务机关不再退税。会计处理上，应将相关损失记入营业外支出，同时将应交增值税-进项税额转出。具体依据国家税务总局《关于印发〈增值税问题解答〉的通知》的规定。
公司注销进项税的会计处理
国家税务总局在《关于印发〈增值税问题解答〉的通知》中明确了相关税务处理规定。当企业面临倒闭、破产、解散或停业后，对于其销售货物的税务处理，依然需要遵循现行税法规定进行征税。尤其对于期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及之后出现的进项税额大于销项税额的不足部分，税务机关不会再进行退税。
对于具体的会计处理，需要注意以下几点：
一、税务处理原则
当企业发生上述情形时，需要明确销售货物的税收处理。按照税法规定，这些销售活动仍然需要正常纳税。
二、关于期初存货的税务处理
对于期初存货中尚未抵扣的已征税款，企业应当进行转出处理。具体的会计处理为：借记“营业外支出”，贷记“应交税费-应交增值税-进项税额转出”。这意味着企业需要将这部分未抵扣的进项税额从资产中转移出来，并作为费用进行处理。
这样的会计处理确保了企业在注销过程中，税务处理得当，遵循了国家的相关法规，同时也保证了企业的财务稳健。
