根据国家税务总局的规定，总机构企业所得税所属机关的选择取决于企业的税种。在2008年底之前，国家税务局和地方税务局各自管理的企业所得税纳税人不作调整。自2009年起，应缴纳增值税的企业所得税由国家税务局管理，而应缴纳营业税的企业所得税则由地方税务局管理。因此，总机构在选择企业所得税所属机关时，需要根据企业的税种来确定。
总机构企业所得税所属机关选择指南
根据《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》(国税发[2008]120号)的规定，对于总机构的企业所得税所属机关的选择，有以下明确指导：
一、2008年基年的规定
以2008年为基准，此年底之前的国家税务局、地方税务局所管理的企业所得税纳税人不作调整。
二、新增企业所得税纳税人的划分
自2009年起，对于新增的企业所得税纳税人，根据其应缴纳的税种来确定所属机关：
1. 应缴纳增值税的企业
其企业所得税由国家税务局管理。
2. 应缴纳营业税的企业
其企业所得税由地方税务局管理。
以上规定明确了总机构在选择企业所得税所属机关时应当遵循的原则。企业应按照自身应税业务类型，准确选择所属税务机关，确保税务工作的顺利进行。同时，企业也应注意遵守相关税务法规，确保税务合规。
