海关增值税抵扣申报流程包括两种方式：勾选认证或税局大厅扫描认证抵扣。填写增值税申报表时，需在附表二相应栏次填写海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣。账务处理包括库存商品或原材料、应交税费等科目的借贷操作。
海关增值税抵扣申报流程及账务处理
海关增值税的抵扣申报流程主要包括两种方式：勾选认证抵扣与大厅扫描认证抵扣。具体操作时，企业可根据实际情况选择其中一种方式进行申报。
勾选认证抵扣方式：
企业可通过相关税务平台，勾选需要认证的增值税专用缴款书，完成认证后即可进行抵扣。
大厅扫描认证方式：
如需前往税务局大厅操作，企业可携带相关海关进口增值税专用缴款书，至税务局大厅进行扫描认证，完成后即可申报抵扣。
在填写增值税申报表时，需在附表二的相应栏次准确填写海关进口增值税专用缴款书注明的税额，以此进行抵扣销项税额。
至于账务处理，具体分录如下：
入库环节：
借：库存商品或原材料
贷：银行存款等科目（部分款项支付）
税务处理：
借：应交税费—应交增值税（进项税额）
贷：银行存款等科目（缴纳增值税款项）
以上流程与分录仅供参考，实际操作中请根据企业具体情况及当地税务规定进行申报与账务处理。
