内控制度审计涉及四个主要内容：一是责任控制制度，确保单位内部各层面的经济责任明确；二是业务处理程序控制制度，通过标准程序提高经营效率及经济效益；三是会计控制制度，财会部门制定措施保障经济活动规范、资产安全及信息准确；四是内部审计制度，内审部门负责监督内部控制执行并报告情况。该审计通过评估被审计单位内部控制的有效性，指导选取审计内容、范围和程序，结合符合性和实质性测试，科学评价管理体系。
内控制度审计的核心内容可归纳为四大板块，旨在确保组织运营的效率、财务报告的可靠性以及合规性。首先，责任控制制度构建了组织内部的责任框架，明确了各部门、管理层级及员工之间的经济职责界限，促进了权责明晰的管理环境。其次，业务处理程序控制制度围绕着企业的整体经营目标，通过标准化流程与具体执行要求的设定，不仅实现了经营活动的有效管控，还促进了经济效益的最大化。再者，会计控制制度是财务管理的基石，由财会部门设计并执行，旨在保护资产安全、维护会计信息的真实性与完整性，通过一系列严谨的财务规章制度及风险防控措施来达成。最后，建立健全的内部审计制度，赋予内审部门监督所有内部控制制度执行情况的重任，并要求其将审查发现直接上报至企业董事会或高级管理层，形成了内部监控的闭环。
内部控制制度审计作为一种科学方法，其核心在于以内部控制体系为审计标的。这一过程始于对被审计单位内部控制制度的全面评估，基于评估结果来规划需抽查的会计资料范畴、内容及审计程序，进而展开符合性测试与实质性测试，确保审计工作的深度与广度能够充分揭示潜在的风险与问题。
