当前开展投资效益审计面临的难题主要包括：一是法律依据不足，缺乏专门法律法规支持审计机关进行投资效益审计，审计法对此类审计的权限、报告机制等未明确界定；二是审计人员专业能力不匹配，需要兼具宏观经济、工程设计预算知识及优秀逻辑思维、沟通能力；三是理论研究滞后，缺乏符合中国国情的完整投资效益审计理论体系；四是评价标准不一，缺乏统一且被广泛认可的效益评估指标和专业指导；五是信息失真问题，审计实施需结合财务合法性审查，增加了审计工作的复杂度。
当前投资效益审计实施中面临的挑战概括为以下几点：
1. 法律支撑不足：目前，投资效益审计工作的推进遭遇了法律依据缺失的问题。具体而言，尚无专项法律法规为审计机关开展此类审计提供坚实的法律基础。《审计法》虽赋予了审计机关一定权限，但在投资效益审计的具体授权、报告提交对象及其法律效力方面，尚存在模糊地带，未予明确界定。
2. 审计人员专业能力局限：高效执行投资效益审计任务，要求审计人员不仅具备深厚的经济学、工程学专业知识（包括工程设计与预算），还需拥有敏锐的逻辑分析能力和出色的沟通技巧。然而，现实中审计团队的知识结构往往难以全面覆盖这些要求。
3. 理论研究与实践脱节：我国投资效益审计的理论研究进展相对缓慢，未能充分结合国家实际情况，形成一套成熟、系统的理论框架。这导致在实践中难以找到既科学又符合国情的指导思想和方法论。
4. 评价标准不一：至今，行业内尚未建立一套统一且被广泛接受的投资效益审计评价准则。缺乏具体的操作指标体系和权威的专业指南，增加了审计结果客观性和可比性的难度。
5. 信息真实性挑战：信息资料的真实性和准确性对于投资效益审计至关重要。当前审计实践中，由于需兼顾财政财务收支的合法性、合规性审查，加之信息失真的普遍现象，进一步加剧了审计工作的复杂度和难度。
投资效益审计的发展之路面临着法律框架不健全、审计人才专业技能匹配度不高、理论研究滞后、评价标准缺失及信息真实性考验等多重障碍，亟需从制度建设、人才培养、理论创新和标准化等多个维度入手，以推动其有效实施。
