针对付款金额与收到增值税发票有差额的做账方法，需区分原因分别处理。若实际付款金额小于发票金额，且销售单位不再收取剩余款项，则按实际付款金额分别计入采购材料的货值和进项税额，超出税额部分需认证后做部分进项转出；若销售单位还要收取剩余款项，则将未支付的货物价款和税金合计数计入应付货款。若实际付款金额大于收到发票金额，可能是对方货物未完全交付或发票未足额开具，应及时追回相关物料商品及发票；若对方不再继续提供货物，则按差额部分计入其他应收款，并追回多付款项。
当实际付款金额小于收到发票金额时，我们需要根据销售单位是否还要再收取剩余款项来分别处理。
1.如果销售单位不再收取剩余款项，那么我们应该按照实际付款金额来分别计入采购材料的货值和对应的进项税额。对于超出票面的税额，在认证后需要做部分进项转出。这种情况下，需要特别注意确保账务处理的准确性，以便真实反映企业的财务状况。
2.如果销售单位还要再收取剩余款项，那么我们应该将尚未支付的货物价款和相对应的税金合计数计入应付货款。这种情况下，企业需要将剩余款项及时支付给销售单位，并更新应付账款的余额，以确保账务的及时性。
当实际付款金额大于收到发票金额时，这意味着对方货物尚未完全交付或者发票没有足额开具。此时，采购方应及时追回相关物料商品及对应发票，以确保货物的完整性和发票的准确性。如果对方不再继续提供货物交付，那么我们应该按照差额部分计入其他应收款，并敦促相关采购人员及时找供应商索要追回多付款项。这种情况下，企业需要及时与供应商沟通，明确货物的交付情况和发票的开具情况，以确保企业的资金安全。
对于付款金额与收到增值税发票存在的差额问题，我们需要根据具体情况进行详细的账务处理。无论是哪种情况，都需要确保账务处理的准确性、及时性和完整性，以真实反映企业的财务状况。如果遇到相关问题，建议及时咨询专业会计师或相关机构，以确保账务处理的准确性和合规性。
